Gerusalemme Est e la Cisgiordania vennero annesse dal regno di Transgiordania, che mutò il nome in Giordania. La "striscia di Gaza" andò sotto il controllo egiziano.
Venne allora tracciata la cosiddetta Green Line, in pratica una vera e propria frontiera che separava il territorio israeliano dalla Cisgiordania e dalla "striscia di Gaza".
Nel 1956 una seconda guerra arabo-israeliana confermò la supremazia militare di Israele, che occupò la penisola del Sinai (escluso il canale di Suez).
Fino al 1967 la Green Line divideva Gerusalemme in due parti: la zona Ovest, sotto il controllo israeliano, e la zona Est (comprendente l'intera città vecchia), sotto l'amministrazione giordana.
Proprio in quell'anno con la cosiddetta "guerra dei sei giorni" (terza guerra arabo-israeliana) Israele vinse per la terza volta, portando via la Cisgiordania alla coalizione araba, Gerusalemme Est alla Giordania, Gaza e il Sinai all'Egitto.
Gerusalemme Est fu ufficialmente annessa, e la città riunificata venne proclamata capitale dello Stato d'Israele, con una decisione unilaterale la cui legittimità fu riconosciuta dalle Nazioni Unite.
Nel 1964 era stato convocato a Gerusalemme Est un congresso nazionale palestinese, nel corso del quale era stata fondata l'OLP (Organizzazione per la liberazione della Palestina), con l'obiettivo di abbattere lo stato sionista.

Gli arabi dei territori occupati non ottennero la cittadinanza israeliana che, nonostante l'annessione, non fu concessa a quanti vivevano a Gerusalemme Est.